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El proceso de desconciliar tiene como objetivo, desmarcar o liberar los movimientos que se encuentran conciliados, con el fin de realizar alguna modificación a los movimientos para posteriormente volver a conciliar. La desconciliación es automática y es posible definir la desconciliación de todos los movimientos o bien de uno en particular. Al ingresar a la aplicación se muestra la siguiente pantalla:
Para iniciar el proceso de desconciliación se deben seleccionar los parámetros que utilizaremos para desconciliar, donde se seleccionará el período y la cartola que se desea conciliar, además es posible emitir sólo la desconciliación para un tipo de movimiento en particular o bien para todos. Una vez completados los datos de la carpeta Parámetros se debe pasar a la carpeta Movimientos, donde se desplegará la siguiente pantalla:
En el proceso de desconciliación aparecen los movimientos ordenados con los datos que han sido conciliados e indica desde el movimiento y el documento que se concilió, hasta la línea del comprobante contable con la cual se concilió el movimiento. Una vez que se ven en pantalla los movimientos conciliados se debe presionar el botón 
botón "Desconciliar automático" para concretar el proceso de desconciliación.